《新型农村合作医疗管理信息系统》是根据卫生部《新型农村合作医疗信息管理系统规范》开发。其日常业务流程为：制定乡镇合作医疗管理办法，确定年度的筹资额度、补偿比例和就诊规则等，在政府引导和集体投入资金全部或部分到位后收取个人筹资（个人年度统筹金额）；再进行合作医疗费用补偿；制作各种所需报表供本部门单位和上级主管部门决策。
　　农村合作医疗管理办法的制定依据上年度资金使用状况和参保状况，各种费用的补偿比例设定、农民参保状况、资金筹集和运作状况、报表格式等都具有动态性（基本上按年度进行调整）。针对以上情况山东鸿雁科技有限公司自主研发一套广泛适用于农村合作医疗信息化的管理软件，系统能有效地解决统筹资金、报销类别、报销比例等动态变化，真正使农村合作医疗业务过程纳入信息化管理中。
系统设农村合作医疗办公室、县、镇、村和合作医疗定点诊治医院等几个部分。能够帮助合作医疗管理过程中涉及的参保人员、年度统筹、报销病种、报销费用类别、日常报销、汇总报表、资金管理、远程数据、疾病分类与汇总等数据流管理问题；实现农村合作医疗管理中全面高效的信息化、智能化；系统提供强大的分析汇总功能，能实时掌握、监控参保人员相关（病种、报销等）情况及财务费用等业务信息，及时准确地作出决策或上传分析汇总数据。